正象上面所說的那樣，自動保護原則的優點在于簡便易行。但是實行這一原則也有不便之處，這就是當作品權屬出現爭議或作品遇到侵權的情況時，著作權人舉證比較麻煩。而對作品的著作權進行“登記”則有可以有效地解決這一問題。著作權登記證書可以作為“初步證據”——當對方舉不出相反證據時，法院等機關可以直接認定證書的合法持有人為著作權人。同時，證書也對對作品的使用提供便利。
國家版權局曾于1994年12月31日發布了《作品自愿登記試行辦法》，在我國實行作品自愿登記制度。不過，實行作品自愿登記制度并不改變著作權法規定的著作權自動保護原則。